Après avoir quitté la femme qui l'a trompé et perdu son emploi, Ilias décide, à cinquante-trois ans, de quitter Athènes pour retourner dans sa ville natale de Delvinaki, à la frontière de la Grèce et l'Albanie.

Son nouveau quotidien loin de sa famille est difficile et se retrouve encore plus affecté lorsque le cadavre d'une jeune femme sauvagement mutilé est découvert à l'extérieur du village.

Profondément bouleversé par ce meurtre et alors que le commandant de police semble curieusement retarder la résolution du crime, Ilias se résout à enquêter seul, ce qui le mènera vers une vérité faite d'amitié et de trahison...

Avec pour toile de fond le paysage hivernal de l'Épire montagneuse, Michalis Makropoulos allie avec mélancolie dans L'Arbre de Judas drame social et enquête, pour décrire une société grecque où la corruption semble encore régner en maître.